La ciudad no se libró de aquellas epidemias que asolaron Andalucía, la más fuerte que sufrió la urbe fue la peste que diezmó la población en el siglo XIII. No obstante, la conocida como fiebre amarilla no fue más amable y también dejó su huella en el entramado cordobés.
¿En qué consistía la fiebre amarilla? Según un texto recogido de la época "La enfermedad consistía en gravazón de cabeza, en sienes y ojos, dolor en las caderas y lomos, a lo que seguía calentura moderada con signos de plétora y postrazón de fuerza y pulso pequeño, indicio no dudoso de su malignidad, los vómitos atrabiliarios, las hemorragias por la nariz y por encías manifestaban la disolución, así como las ansiedades, delirios y otros síntomas nerviosos los atribuían a la debilidad de los pacientes... Al fin, siendo teñidos de pajizo los vómitos y los excrementos de algunos enfermos, y ellos mismos antes y después de muertos cubiertos del mismo color, convinieron que era la fiebre amarilla".
Tras los trabajos de investigación publicados por Arejúla podemos saber que procedente de las Américas tres navíos: la polacra "Jupiter", las corbetas "Aguila" y "Delfín" llegan al puerto de Cádiz en julio de 1800. El foco de la también llamada vómito negro se inició en el barrio de Santa María de Cádiz propagándose de forma virulenta hasta Sevilla. Ciudades como Córdoba empiezan a tomar medidas, siendo la primera de ellas el cierre de la ciudad (algo muy normal cuando se trata de epidemias).
Pero en el año 1804 surge un nuevo brote de esta epidemia. En Córdoba el foco se inició en la Axerquía, en la calle Almonas (hoy día esta calle recibe el nombre de Gutiérrez de los Ríos), en el barrio de San Andrés. Algunos historiadores piensan que esta enfermedad vino dentro de un cargamento de lino, otros sin embargo piensan que la transmisión llegó a través de las larvas de unos insectos, y estas se formaban en las orzas donde las clases menos pudientes guardaban sus alimentos.
Pero donde si se ponen de acuerdo todos los historiadores es que este foco se inició el 4 de septiembre de dicho año, y tras enfermar los miembros de esa zona, la enfermedad se expandió por todo el barrio de San Andrés, llegando a los barrios colindantes. Antes de que fuera demasiado tarde, las autoridades decidieron crear muros para concentrar el foco en una sola zona, dejándola aislada del resto de la ciudad. Se crearon postigos que servían de avituallamiento para estos vecinos que se encontraban en cuarentena.
El 26 de noviembre de dicho año se puso fin a la epidemia, se realizaron ofrendas a las parroquias, y se celebraron fiestas en honor a este acontecimiento, aunque el saldo final fue de más de 1500 fallecidos.
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